После подписания мира с Австрией и Пруссией в состоянии войны с Францией находилась только Великобритания. Готовясь к боевым действиям на континенте, Директория одновременно запланировала провести военную кампанию против Великобритании. Относительная слабость французского флота не позволяла безопасно перевезти большую армию до Ост- или Вест-Индии, таким образом выбор был между высадкой в Ирландии (где местное население охотно поддержало бы антианглийские действия) и во владениях Османской империи с, возможно, будущим продвижением в Индию на соединение с силами союзных Франции магараджей. Наконец, был сделан выбор в пользу Египта.

Египет юридически подчинялся Османской империи, но фактически осуществлял независимую политику. Турция по дипломатическим каналам дала Франции понять, что она благосклонно отнесётся к любым французским действиям против Египта. К тому же, с захватом Францией острова Корфу и подписанием Францией выгодных соглашений с Неаполитанским королевством, Англия утратила все свои постоянные морские базы в Средиземном море. В начале 1798 года Наполеон провёл рекогносцировку северного и западного французского побережья. Демонстративные действия прошли удачно: Великобритания была уверена, что готовится высадка в Ирландии, поэтому английский флот был занят блокадой Гибралтара и северных французских портов, оставив французам открытый путь через Средиземное море к Египту.